L’église Saint-Gilles est appelée en langue populaire 'Sint-Gillis-Binnen', c’est-à-dire 'Saint-Gilles de l’intérieur'. Cette appellation remonte au moyen âge: elle signifie que l’édifice se trouvait dans les murs de la ville. De l’église médiévale, il reste encore la tour et l’ancien chœur. Lorsqu’elle s’est avérée trop exiguë, au XVIIIe siècle, on lui adjoint une nef en trois parties. La façade principale néobaroque date du début du XXe siècle.
L’intérieur lumineux, les vitraux colorés et sa magnifique ornementation font de cette église un joyau. Elle se trouve sur la Heldenplein, où un monument de guerre rappelle le douloureux passé de la ville.
Chapelle de l’Hôpital Saint-Gilles
Vers le milieu de l’ancienne porte de la Tour et de la nouvelle porte de Bruxelles, un nouvel hôpital fut fondé vers 1214 par Mathilde I, dédié à Saint-Gilles. Saint Égide, le saint patron de cet hôpital, est vénéré comme protecteur du bétail (1er septembre).
En 1223, l’hôpital fut transformé en abbaye de cisterciennes grâce à Mathilde I. Cependant, la jeune abbaye dut rapidement déménager, car selon les statuts de l’ordre, une abbaye doit être située à l’écart. Elle s’installa alors à Zwijvekekouter, en dehors des murs de la ville, mais le siège de la paroisse fut transféré en 1228 dans les bâtiments de l’ancien Hôpital Saint-Gilles.
Nouvelle église paroissiale du XIIIᵉ siècle
Seule une petite partie de la paroisse originale de Zwijveke se trouvait à l’intérieur des murs de la ville (Saint-Gilles-intra-muros), et les habitants en dehors des murs devaient toujours passer par les portes de la ville pour assister aux offices.
La chapelle de l’ancien Hôpital Saint-Gilles devint rapidement trop petite, et une nouvelle église paroissiale fut donc fondée au XIIIᵉ siècle à proximité immédiate. Pendant les troubles religieux (1578), cette église fut incendiée. Ce n’est qu’en 1584 qu’elle put être remise en service.
Église Saint-Égide du XVIIIᵉ siècle
Avec l’augmentation rapide de la population, l’église paroissiale devint à nouveau trop petite. En 1779, l’ancienne église fut démolie, à l’exception de la tour et du chœur. L’église basse fut reconstruite en 1780-1781.
Depuis la seconde moitié du XIXᵉ siècle, l’église a subi plusieurs restaurations. En 1866, l’architecte de la ville, Edouard Bouwens, restaura la tour, le chœur et la sacristie. Ce n’est qu’en 1912-1913 que l’église basse fut restaurée. L’architecte Valentin Vaerwijck dota alors l’église d’une nouvelle façade de style néobaroc, tout en conservant le portail du XVIIIᵉ siècle. Dans la seconde moitié du XXᵉ siècle, l’église a de nouveau été restaurée.
